Sau 30/4/1975, Bến xe Châu Đốc tọa lạc tại ngã tư đường Liên tỉnh 10 giao với đường vành đai (nay là đường Lê Lợi – Tôn Đức Thắng) khóm Châu Long 2 – Phường Châu Phú B – Thị xã Châu Đốc – An Giang được chính quyền cách mạng tiếp quản và đưa vào sử dụng; cơ sở vật chất lúc bấy giờ hoàn toàn trống và nhà làm việc cách Bến xe một con đường, chỉ là một khoản đất trống được cán đá cấp phối diện tích gần 2.000m2, không có nhà điều hành và phòng bán vé, phạm vi hoạt động chỉ vài tuyến đường xe truyền thống như tuyến cố định: Sài Gòn, Cần Thơ, Long Xuyên, Tri Tôn. Về quản lý nhà nước Bến xe chịu sự quản lý điều hành trực tiếp của Tổ Giao thông trực thuộc Phòng Công nghiệp thị xã Châu Đốc.
Trải qua thời gian hoạt động được khoảng 05 năm, Bến xe đã được xây dựng hạng mục nhà điều hành và phòng bán vé (chất lượng cấp 4), qui mô hoạt động các tuyến đường truyền thống cũng tăng dần theo nhu cầu của xã hội như tài xế các xe chạy tuyến cố định.
Đến sau những năm 1980 thực hiện nền kinh tế trong đó quốc doanh chiếm vai trò chủ đạo, vì vậy thị xã Châu Đốc đã thành lập Cty Vận tải Quốc doanh thủy bộ và Bến xe Châu Đốc được bàn giao về cho công ty quản lý, cùng với sự phát triển của kinh tế, Bến xe Châu Đốc đã được Cty Vận tải Quốc doanh thủy bộ không ngừng đầu tư xây dựng một số công trình phụ trợ như căn tin phục vụ ăn uống, phòng trọ cho khách qua đêm…) đáp ứng ngày càng tốt hơn nhu cầu đi lại của nhân dân cũng như vận chuyển hàng hóa.
Đến tháng 4/1993, thực hiện tinh thần chỉ đạo của ngành Giao thông vận tải tách Bến xe ra khỏi sự quản lý của Cty Vận tải. Qua đó, UBND tỉnh An Giang đã ban hành Quyết Định số: 70/QĐ.UB.ND.TC ngày 18/02/1993 về việc tách bến xe thuộc xí nghiệp giao thông vận tải Châu Đốc thành Bến xe khách Châu Đốc của Ủy ban nhân dân tỉnh An Giang.
Bến xe khách Châu Đốc là đơn vị sự nghiệp có thu, nay là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở Giao thông vận tải An Giang, được mở tài khoản riêng, và có con dấu riêng, giám đốc là ông: Trần Thanh Dân.
Từ khi được thành lập, Bến xe khách Châu Đốc tọa lạc tại đường Lê Lợi, khóm Châu Quới 1, phường Châu Phú B, thành phố Châu Đốc, cách trung tâm thành phố Châu Đốc khoảng 1,5 km, có diện tích khoản 2.000m2, nhân sự 45 người. khi hình thành mặt bằng Bến xe khách Châu Đốc chỉ được cán cấp phối và trong quá trình hoạt động đến năm 1994 thì được cán đá láng nhựa, đến năm 1996 thì mở rộng thêm 1.000m2 nâng diện tích bến xe lên 3.000m2.
Từ năm 1993 đến năm 1999, ông Trần Thanh Dân giữ chức vụ Giám đốc Bến xe khách Châu Đốc. Năm 1999, ông Nguyễn Mộng Hoàng đảm nhiệm chức vụ Giám đốc tiếp tục nhiệm vụ phát triển Bến xe cho thời gian tiếp theo.
Năm 2006, Ủy ban nhân dân thành phố Châu Đốc phối hợp Sở Giao thông vận tải An Giang xác định vị trí di dời Bến xe khách Châu Đốc về vị trí mới, địa chỉ số 26 Hồ Tùng Mậu, khóm Hòa Bình, Phường Vĩnh Mỹ. Đến năm 2009, Bến xe khách Châu Đốc được di dời về vị trí mới, với diện tích trên 30.000m2, cơ sở vật chất đáp ứng bến loại 1 theo quy chuẩn kỹ thuật quốc gia số 45:2012/BGTVT về bến xe khách, đến năm 2011, Giám đốc Bến ông Nguyễn Mộng Hoàng đến tuổi nghỉ hưu thay thế là ông Nguyễn Thanh Liêm – Giám đốc Bến xe khách Châu Đốc, đến tháng 11 năm 2021, ông Liêm xin thôi việc theo nguyện vọng vì lý do cá nhân.
Năm 2016, Bến xe bàn giao đường nội bộ D1,D2 cho thành phố Châu Đốc làm đường nội bộ cho khu dân cư. Bến xe khách Châu Đốc còn 26.902,2 m2, đồng thời mở rộng về hướng tuyến tránh quốc lộ 91 là 872,3m2 nâng diện tích bến xe lên 27.774,5m2. Bên cạnh đó mở 2 cổng xe ra vào Bến xe đấu nối với tuyến tránh quốc lộ 91 (N1) và hiện nay Giám đốc Bến xe là ông Phạm Đăng Lên quản lý điều hành, phấn đấu đưa bến xe thành cảng đường bộ xứng tầm trong khu vực đồng bằng sông Cửu Long.
